زگیل های مسطح ممکن است با پاپول های لیکن پلان اشتباه شوند.
زگیل های صورت، دست و حتی تنه ممکن است شبیه سبورئیک کراتوز باشد.
گاهی افتراق Skin tag از زگیل های نخی شکل مشکل است.
در کف پا میخچه (corn) و پینه (callus) ممکن است با زگیل اشتباه شود. خطوط پوستی روی میخچه و پینه وجود دارد اما در زگیل دیده نمی شود و از بین می رود. میخچه دردناک است اما زگیل غالبا بدون درد است. میخچه در مناطق تحت فشار ایجاد می شود اما زگیل در مناطق دیگر هم می تواند باشد.