نورالژی تریژمینال، سینوزیت، بیماری های دندان و گلوکوم می تواند درد یک طرفه سر و صورت ایجاد کنند، اما علائم اتونوم و مشخصات زمانی سردرد خوشه ای را ندارند.
فئوکروموسایتوما و هیپوگلیسمی هم می توانند سردرد های دوره ای ایجاد کنند اما معمولا دو طرفه و فاقد علائم اتونوم است.
دایسکشن کاروتید می تواند سبب درد یک طرفه اربیتال، رترواربیتال و صورت و همچنین سندرم هورنر شود اما اپیزودیک نیست و بی قراری ایجاد نمی کند.